몽케가 죽자 동생 쿠빌라이와 아리크 부케가 각각 칸을 자처하며 4년 동안 싸웠다(1260~1264). 쿠빌라이가 이겼지만, 이 내전을 계기로 각 지역의 몽골 지배자들은 대칸의 명령보다 자기 지역의 이익을 앞세우게 되었다.
그 결과 제국은 크게 넷으로 나뉘었다. 동쪽의 원(쿠빌라이 가문), 러시아 초원의 킵차크 칸국(주치 가문, ‘금장 칸국’이라고도 함), 중앙아시아의 차가타이 칸국, 이란 중심의 일 칸국(훌라구 가문)이다. 서로 국경과 종교 문제로 다투기도 했다.
그래도 이들은 칭기즈 칸의 후손이 다스리는 하나의 큰 울타리라는 의식을 어느 정도 유지했고, 대칸으로서 원의 권위를 형식적으로 인정했다. 시간이 지나며 서쪽의 칸국들은 이슬람을 받아들이고 현지 사회에 녹아들었다.