16세기 포르투갈·에스파냐의 항해와 함께 가톨릭 선교사들이 아메리카와 아시아로 갔다. 예수회의 하비에르는 1549년 일본에 왔고, 마테오 리치는 중국 명나라에서 활동하며 서양 학문과 함께 그리스도교를 소개했다. 필리핀은 스페인 통치를 거치며 아시아의 대표적인 가톨릭 국가가 되었다.
조선에는 베이징을 오가던 사신을 통해 한문으로 된 천주교 서적이 들어와 ‘서학’으로 연구되었다. 1784년 이승훈이 베이징에서 세례를 받고 돌아와 신자 모임을 이루었는데, 선교사가 오기 전에 신자들이 스스로 교회를 세운 드문 사례로 꼽힌다. 그러나 제사 문제 등으로 신유박해(1801)·병인박해(1866) 같은 큰 박해를 겪었다.
1885년에는 미국의 개신교 선교사 언더우드와 아펜젤러가 제물포(인천)로 들어와 학교와 병원을 세웠다. 한편 1860년 최제우가 연 동학처럼 서학에 맞서 한국에서 자생한 종교도 생겨났다.