1524년 여름 독일 남서부에서 농민 봉기가 일어나 이듬해 봄에는 중부 독일까지 번졌다. 농민들은 〈12개조〉라는 요구서를 내고 농노제 폐지, 공유지 이용, 목사를 스스로 뽑을 권리 등을 성경에 근거해 요구했다. 급진적 개혁가 토마스 뮌처는 튀링겐에서 농민군을 이끌었다.
그러나 루터는 질서를 무너뜨리는 반란이라며 농민을 강하게 비난하고 제후 편에 섰다. 1525년 5월 프랑켄하우젠 전투에서 농민군은 크게 패했고 뮌처는 처형되었다. 이 전쟁으로 목숨을 잃은 농민은 약 10만 명으로 추정된다.
이후 독일의 종교 개혁은 제후들이 주도했다. 가톨릭 황제와 루터파 제후들이 싸운 끝에 1555년 아우크스부르크 화의가 맺어졌다. 각 영방의 제후가 가톨릭과 루터파 가운데 하나를 고르고 주민은 그 종교를 따르게 한 것이다. 다만 칼뱅파는 인정받지 못해 갈등의 씨앗이 남았다.