고려는 문신을 높이고 무신을 낮게 대했다. 군대의 최고 지휘관도 문신이 맡았고, 무신은 승진에 한계가 있었다. 1170년 의종이 보현원으로 놀러 간 날, 정중부·이의방·이고 등은 쌓인 불만을 터뜨려 문신들을 죽이고 의종을 몰아냈다(무신 정변).
그 뒤 무신들끼리 권력을 다투며 집권자가 여러 번 바뀌었다. 1196년 최충헌이 이의민을 제거하고 권력을 잡은 뒤로 최씨 집안이 4대 60여 년 동안 정권을 이어 갔다. 최씨 정권은 교정도감이라는 기구로 나랏일을 처리하고, 사병인 도방과 삼별초로 권력을 지켰다.
지배층이 흔들리자 신분 질서도 흔들렸다. 1176년 공주 명학소의 망이·망소이가 차별에 맞서 봉기했고, 1198년에는 최충헌의 노비 만적이 '왕후장상의 씨가 따로 있겠는가'라며 노비 해방을 꾀했다. 같은 시기 일본에서도 무사들이 정권을 잡은 가마쿠라 막부(1185년경~)가 들어섰다.