1520년대 후반 잉카 황제 와이나 카팍이 갑자기 죽었다. 스페인 사람보다 먼저 남쪽으로 퍼진 천연두 때문이었을 가능성이 크다. 그 뒤 두 아들 와스카르와 아타우알파가 왕위를 두고 내전을 벌였고, 아타우알파가 막 승리한 참이었다.
1532년 프란시스코 피사로는 약 170명의 병사를 이끌고 페루 북부에 들어왔다. 11월 16일 카하마르카 광장에서 아타우알파를 만난 스페인군은 대포와 말로 기습해 수행원 수천 명을 죽이고 황제를 사로잡았다. 아타우알파는 몸값으로 방 하나를 금과 은으로 채워 주겠다고 약속했다.
막대한 몸값을 받은 뒤에도 스페인은 1533년 아타우알파를 처형했다. 그해 말 피사로는 잉카에 반감을 품은 원주민 세력의 도움을 받아 수도 쿠스코에 들어갔다. 1535년 스페인은 해안에 새 수도 리마를 세웠다.