마야 문자는 뜻을 나타내는 글자와 소리를 나타내는 글자를 섞어 쓰는 방식으로, 수백 개의 기호가 있다. 왕의 이름, 즉위와 전쟁의 날짜가 석비, 토기, 나무껍질 종이 책(코덱스)에 기록되었다. 20세기 중반 이후 러시아의 크노로조프 등 여러 학자의 연구로 해독이 크게 진전되어, 지금은 대부분을 읽을 수 있다.
마야는 20을 기본 단위로 하는 수 체계를 쓰고 0을 나타내는 기호를 썼다. 날짜를 기준일부터 센 장기 달력(롱 카운트)과 260일·365일 달력을 맞물려 시간을 계산했다. 금성과 일식의 주기도 정확히 기록했다.
그러나 스페인 정복 뒤 선교사들은 마야의 책을 ‘이교의 책’이라며 불태웠다. 1562년 유카탄의 마니에서 디에고 데 란다 수사가 많은 코덱스를 태운 일이 유명하다. 오늘날 확실히 전하는 마야 코덱스는 네 권뿐이다.