1959년 혁명으로 쿠바에 카스트로 정권이 들어서 소련과 가까워졌다. 1962년 10월 미국 정찰기가 쿠바에 소련의 핵미사일 기지가 건설되고 있는 것을 찾아냈다. 미국 동부 대도시들이 몇 분 거리에 들어오는 위치였다.
케네디 대통령은 10월 22일 쿠바 주변 바다를 막는 해상 봉쇄를 발표했다. 핵무기를 실은 양쪽 군대가 최고 경계 태세에 들어갔고, 세계는 숨을 죽였다.
10월 28일 소련의 흐루쇼프는 미사일을 철수하겠다고 발표했다. 미국은 쿠바를 침공하지 않겠다고 약속하고, 몰래 튀르키예의 미국 미사일을 빼기로 했다. 위기 뒤 두 나라 정상 사이에 직통 전화(핫라인)가 놓였다. 1963년에는 대기권 등에서의 핵실험을 금지하는 부분적 핵실험 금지 조약도 맺어졌다.