‘십자군’은 성지에만 간 것이 아니었다. 교황은 이베리아, 발트해 연안, 유럽 안의 이단을 상대로 한 전쟁에도 십자군의 이름과 특권을 주었다.
이베리아반도의 기독교 왕국과 이슬람 세력의 전쟁에도 교황은 십자군과 같은 특권을 주었다. 1212년 라스나바스데톨로사 전투에서 카스티야·아라곤·나바라 연합군이 북아프리카계 무와히드 왕조를 크게 이겼고, 이후 레콩키스타가 빨라졌다.
발트해 연안에서는 아직 기독교를 받아들이지 않은 프로이센인, 리보니아인 등을 상대로 북방 십자군이 벌어졌다. 튜턴 기사단은 13세기 프로이센을 정복해 기사단 국가를 세웠고, 이 과정에서 현지 주민은 강제로 개종하거나 땅을 잃었다. 프랑스 남부에서는 1209년부터 기독교 이단으로 몰린 카타리파를 상대로 알비 십자군이 벌어졌다.
성지 방면 원정도 이어졌다. 제5차 십자군(1217~1221)은 이집트의 다미에타를 점령했다가 나일강 홍수 속에 물러났다. 황제 프리드리히 2세는 1229년 전투 없이 아이유브 술탄 알카밀과 협상해 예루살렘을 10년간 돌려받았지만, 도시는 1244년 다시 무슬림의 손에 들어갔다.