1830년 네덜란드 총독 판덴보스는 강제 재배 제도를 도입했다. 자바의 마을들은 땅의 약 5분의 1에 커피·사탕수수·쪽(남색 염료) 같은 수출 작물을 기르거나 그만큼 노동을 바쳐야 했다. 이 수익은 네덜란드 정부 수입의 큰 몫을 차지했지만, 농민들은 식량 작물을 기를 땅과 시간을 빼앗겨 곳곳에서 기근을 겪었다.
1860년 식민지 관리 출신 작가 물타툴리는 소설 『막스 하벨라르』로 이 착취를 고발했고, 비판 여론 속에 제도는 1870년 무렵부터 단계적으로 폐지되었다. 그 대신 네덜란드 민간 기업의 대농장이 늘어났다.
네덜란드는 자바 바깥의 섬들도 무력으로 정복했다. 수마트라 북부의 이슬람 왕국 아체는 1873년부터 30년 넘게 끈질기게 저항했고, 발리에서는 1906~1908년 왕족과 백성이 항복 대신 죽음을 택하는 비극이 일어났다. 20세기 초에야 오늘날 인도네시아의 영역 대부분이 네덜란드 지배 아래 들어갔다.