기원전 1900년경 이후 모헨조다로와 하라파 같은 큰 도시들은 점점 사람이 줄었다. 도시의 규칙적인 계획과 문자, 표준 저울추도 차츰 사라졌다. 사람들은 동쪽 갠지스강 쪽과 남쪽 구자라트 등지의 작은 마을로 흩어졌다.
원인으로는 몬순(계절풍) 비가 약해진 기후 변화, 강의 물길이 바뀌거나 가가르-하크라강 같은 물줄기가 말라 버린 일, 메소포타미아와의 무역 감소 등이 꼽힌다. 학자들은 대체로 한 가지가 아니라 여러 원인이 겹쳤다고 본다.
예전에는 ‘아리아인이 쳐들어와 인더스 문명을 멸망시켰다’는 설명이 널리 퍼져 있었다. 하지만 대규모 전쟁의 흔적이 없고 연대도 맞지 않아, 오늘날 학계에서는 이 ‘침입설’을 받아들이지 않는다. 문명은 갑자기 멸망했다기보다 천천히 모습을 바꾸었다.