전라좌수사 이순신은 전쟁 전부터 군사를 훈련하고 배와 무기를 정비했다. 1592년 5월 옥포에서 첫 승리를 거둔 뒤 연이어 일본 수군을 무찔렀고, 사천 해전에는 지붕을 덮어 적이 올라타기 어렵게 만든 거북선이 처음 나섰다.
1592년 7월 이순신은 견내량의 좁은 물길에 있던 일본 함대를 넓은 한산도 앞바다로 끌어낸 뒤, 학이 날개를 펴듯 둘러싸는 학익진으로 크게 무찔렀다(한산도 대첩). 조선 수군의 판옥선은 크고 튼튼해 화포를 많이 실을 수 있었다.
이 승리로 조선은 남해의 제해권(바다를 지배하는 힘)을 쥐었다. 일본군은 바닷길로 서해를 돌아 군량과 병력을 보내려던 계획이 막혀 평양에서 더 나아가지 못했고, 곡창 지대인 전라도도 지킬 수 있었다.