삼국 간섭으로 일본의 힘이 약해 보이자, 고종과 왕비(명성황후)는 러시아와 가까워지며 일본을 견제했다. 그러자 1895년 10월 8일 새벽, 일본 공사 미우라 고로가 이끈 일본군과 낭인 무리가 경복궁 건청궁에 침입해 왕비를 살해하고 시신을 불태웠다. 이것이 을미사변이다.
사건 뒤 일본의 영향 아래 들어선 김홍집 내각은 개혁을 이어 갔다(을미개혁). 태양력을 쓰고 ‘건양’이라는 연호를 정했으며, 종두법을 시행하고 우편 업무를 시작했다. 그리고 1895년 12월 말 상투를 자르게 하는 단발령을 내렸다.
왕비 살해에 대한 분노에, 몸을 소중히 여기는 유교 전통을 무시한 단발령까지 겹치자 유생들이 앞장서 전국에서 을미의병이 일어났다. 유인석·이소응 등이 이끈 의병은 친일 관리를 처단하고 일본군과 싸웠다. 이 혼란 속에서 고종은 궁궐을 빠져나갈 길을 찾았다.