1944년 독재가 무너진 과테말라에서는 선거로 뽑힌 아레발로와 아르벤스 정부가 개혁을 이어 갔다. 1952년 아르벤스는 경작하지 않는 대농장 땅을 거둬 농민에게 나누는 토지 개혁을 시작했다. 가장 많은 땅을 갖고 있던 미국의 유나이티드 프루트 회사도 땅을 내놓아야 했다.
냉전 한가운데 미국 아이젠하워 정부는 과테말라 정부에 공산주의 영향이 커지고 있다고 판단했다. 미국 중앙정보국(CIA)은 망명 군인 카스티요 아르마스의 소규모 부대를 훈련·무장시키고 선전 방송과 공습을 지원했다. 1954년 6월 27일 군부의 지지를 잃은 아르벤스는 사임했다.
이후 과테말라는 군사 정권이 이어지며 1960년부터 36년 동안 내전을 겪었다. UN이 지원한 진상 규명 위원회는 이 내전에서 약 20만 명이 숨지거나 실종되었다고 밝혔다. 당시 과테말라에 머물던 젊은 의사 체 게바라는 이 쿠데타를 보고 무장 혁명의 길로 들어섰다.