히데요시가 죽은 뒤 가장 강한 다이묘였던 도쿠가와 이에야스와 도요토미 정권을 지키려는 세력이 맞섰다. 1600년 세키가하라 전투에서 이에야스가 이겼고, 1603년 쇼군에 임명되어 에도(지금의 도쿄)에 막부를 열었다. 1615년에는 오사카성을 함락해 도요토미 가문을 끝냈다.
에도 막부는 전국을 직접 다스리는 대신 약 260명의 다이묘에게 영지(번)를 맡기고 엄격히 통제했다. 다이묘는 1년마다 에도와 자기 영지를 오가며 머물러야 했고(참근교대), 가족은 에도에 남겨 두었다. 이 제도로 반란은 어려워졌고, 오가는 길을 따라 도로와 상업이 발달했다.
사회는 무사·농민·장인·상인의 신분으로 나뉘었다. 이에야스는 임진왜란으로 끊긴 조선과의 관계를 회복하려 했고, 1607년 조선의 사절이 에도를 찾으면서 국교가 다시 열렸다.