14세기 중엽 원에서는 황제 자리를 둘러싼 다툼이 잦았고, 황허강의 큰 홍수와 전염병, 기근이 겹쳤다. 정부가 지폐를 마구 찍어 내 물가가 치솟았고, 황허 제방 공사에 수십만 명의 백성이 동원되면서 불만이 터졌다.
1351년 미륵불이 세상을 구하러 온다는 백련교 신앙을 내건 홍건적(붉은 두건을 쓴 반란군)이 일어났다. 홍건적 일부는 원군에 쫓겨 1359년과 1361년 고려까지 쳐들어와 개경을 함락하기도 했다. 고려의 공민왕은 이 무렵 원의 간섭에서 벗어나는 개혁을 추진했다.
가난한 농민 출신으로 홍건적에 가담했던 주원장은 경쟁 세력을 차례로 물리치고 1368년 난징에서 명을 세웠다. 같은 해 명군이 대도를 점령하자 원의 황제는 북쪽 초원으로 물러났다. 몽골 세력은 이후에도 초원에서 ‘북원’으로 이어지며 명과 오래 맞섰다.