2002년 11월 중국 광둥성에서 원인 모를 폐렴이 나타났다. 2003년 2월 홍콩의 한 호텔에 머문 감염자를 통해 병이 여러 나라로 퍼졌고, 원인은 새로운 코로나바이러스로 밝혀졌다(사스, 중증 급성 호흡기 증후군). WHO 집계로 약 8,000명이 감염되고 약 770명이 숨졌으며, 각국이 환자 격리와 여행 경보로 대응해 2003년 7월 유행이 멈췄다.
2012년 사우디아라비아에서는 낙타를 통해 사람에게 옮는 또 다른 코로나바이러스가 확인되었다(메르스, 중동 호흡기 증후군). WHO에 따르면 보고된 환자의 약 3분의 1 이상이 숨질 만큼 치명적이다.
2015년 5월 중동을 다녀온 한 환자에게서 시작된 메르스가 한국의 병원들 안에서 퍼져 186명이 감염되고 38명이 숨졌다. 붐비는 응급실과 병문안 문화, 늦은 정보 공개가 문제로 지적되었고, 이후 감염병 대응 체계가 정비되었다. 질병관리본부는 2020년 질병관리청으로 승격되었다.