1796년 영국 의사 제너는 소의 천연두(우두)를 사람에게 접종하면 천연두를 막을 수 있다는 것을 보여 주었다. 이것이 최초의 백신이다. 조선에서는 1879년 지석영이 부산에서 종두법을 배워 와 충주에서 처음으로 우두를 놓았다.
19세기 중엽 프랑스의 파스퇴르는 음식이 썩고 술이 발효하는 것이 눈에 보이지 않는 미생물 때문임을 밝혔고, 저온 살균법과 광견병 백신(1885)을 만들었다. 독일의 코흐는 탄저균(1876), 결핵균(1882), 콜레라균(1883)을 찾아냈고, 특정 세균이 특정 병의 원인임을 확인하는 방법을 정리했다. 코흐는 1905년 노벨 생리의학상을 받았다.
이 세균설(병원체설)이 받아들여지면서 손 씻기와 소독, 수술 도구 멸균, 깨끗한 물 공급이 퍼졌다. 병의 원인을 알게 되자 예방법과 치료법을 체계적으로 찾을 수 있게 되었고, 20세기 항생제와 백신 개발의 길이 열렸다.