기원전 2000년 무렵부터 크레타섬에는 크노소스 같은 거대한 궁전이 세워졌다. 궁전은 곡식·올리브유를 모아 나눠 주는 중심지였고, 바닷길로 이집트·에게해 섬들과 활발히 무역했다. 20세기 초 이곳을 발굴한 영국 고고학자 에번스가 전설 속 미노스 왕의 이름을 따 미노스 문명이라 불렀다. 이들이 쓴 선형 문자 A는 아직 해독되지 않았다.
기원전 1600년 무렵(연대는 학계에서 논쟁 중) 테라섬(지금의 산토리니)에서 거대한 화산 폭발이 일어났고, 미노스 문명은 점차 약해졌다. 같은 무렵 그리스 본토에는 미케네, 필로스 같은 요새 왕궁이 생겼고, 기원전 1450년 무렵에는 미케네 사람들이 크노소스까지 차지한 것으로 보인다. 1952년 벤트리스가 미케네의 선형 문자 B가 초기 그리스어임을 밝혀내, 이들이 그리스인의 조상임이 확인되었다.
기원전 1200년 무렵부터 지중해 동부 곳곳의 왕국이 잇따라 무너졌다(청동기 시대 말의 붕괴). 가뭄, 지진, 외부 집단의 침입, 무역망 붕괴 등이 원인으로 거론되지만 정확히는 알 수 없다. 미케네 궁전도 불타 버렸고, 그리스는 글자마저 잊힌 약 300년의 ‘암흑시대’로 접어들었다.