16세기 중반 프랑스에서는 귀족과 도시민 사이에 위그노가 늘어났다. 1562년 바시에서 가톨릭 귀족의 군대가 예배 중이던 위그노를 공격한 사건을 계기로 위그노 전쟁(1562~1598)이 시작되었다. 종교 갈등에 왕권을 둘러싼 귀족 가문들의 다툼이 겹쳤다.
1572년 8월 24일, 위그노 지도자 나바르의 앙리와 왕의 누이의 결혼식을 위해 파리에 모인 위그노들이 학살되었다(성 바르톨로메오 축일의 학살). 파리에서만 약 3,000명, 지방까지 합치면 그보다 훨씬 많은 사람이 희생된 것으로 추정되는데, 숫자는 자료마다 크게 다르다.
살아남은 나바르의 앙리는 1589년 앙리 4세로 왕위에 올랐다. 그는 1593년 가톨릭으로 개종해 나라를 하나로 모은 뒤, 1598년 낭트 칙령을 내려 가톨릭을 국교로 두되 위그노에게 신앙의 자유와 일정한 지역의 공개 예배를 허용했다. 종교가 달라도 한 나라에서 함께 살 수 있다는 관용의 중요한 사례다.