교황은 1545년부터 1563년까지 여러 차례에 걸쳐 이탈리아 북부 트렌토에서 트리엔트 공의회를 열었다. 공의회는 성경과 함께 교회의 전통도 신앙의 기준임을 확인하고, 개신교의 주장을 거부했다. 동시에 성직 매매 같은 부패를 금지하고 신학교를 세워 성직자 교육을 강화했다.
에스파냐 출신 이냐시오 데 로욜라는 동료들과 1534년 파리에서 서원을 하고 예수회를 만들었다(1540년 교황 인가). 예수회는 교황에게 특별히 복종하며 학교를 세워 교육에 힘썼고, 남부 독일·폴란드 등에서 가톨릭을 되살리는 데 앞장섰다.
예수회 선교사들은 대항해 시대의 바닷길을 따라 아시아와 아메리카로 갔다. 하비에르는 1549년 일본에 도착했고, 마테오 리치는 명나라에 들어가 서양 학문을 소개했다. 그 결과 유럽은 남쪽의 가톨릭과 북쪽의 개신교로 나뉜 지도가 굳어졌다.