칼뱅(1509~1564)은 1536년 〈그리스도교 강요〉를 펴내 개신교 신학을 체계적으로 정리했다. 그는 구원받을 사람은 신이 미리 정해 두었다는 예정설을 강조했고, 신자는 성실하고 절제된 생활로 신앙을 드러내야 한다고 가르쳤다.
제네바에서 한 번 쫓겨났던 칼뱅은 1541년 다시 돌아와 시 의회와 함께 교회 규율을 세웠다. 목사와 장로가 시민의 생활까지 엄격히 감독했고, 제네바는 각국의 개신교 난민과 목회자가 모여드는 개혁 신앙의 중심지가 되었다.
칼뱅파(개혁파)는 스코틀랜드(장로교), 프랑스(위그노), 네덜란드, 잉글랜드(청교도) 등으로 퍼졌다. 근면과 절제를 강조한 이 신앙이 상공업 시민층에게 호응을 얻었다는 해석도 있다. 루터파와 달리 국가 권력과 맞서 싸운 경우가 많아, 뒤이은 종교 전쟁의 주요 세력이 되었다.