세조 이후 공신으로 큰 권력과 땅을 가진 세력을 훈구라 하고, 지방에서 성리학을 공부하며 도덕 정치를 내세운 선비들을 사림이라 한다. 성종 때 중앙에 진출한 사림은 훈구의 비리를 날카롭게 비판했다.
갈등은 피바람으로 이어졌다. 연산군 때 무오사화(1498)와 갑자사화(1504), 중종 때 개혁을 서두르던 조광조 일파가 화를 입은 기묘사화(1519), 명종 때 외척 다툼에서 비롯된 을사사화(1545)로 많은 사림이 죽거나 귀양을 갔다. 그래도 사림은 지방의 서원과 향약(마을 자치 규약)을 바탕으로 세력을 넓혀 갔다.
선조(1567년 즉위) 때 사림이 정권을 잡았지만, 1575년 인사권을 가진 이조 전랑 자리를 두고 김효원과 심의겸이 맞서면서 동인과 서인으로 갈라졌다. 동인은 주로 이황·조식의, 서인은 이이·성혼의 학문을 이었다. 동인은 다시 남인과 북인으로 나뉜다. 학문과 정치적 견해를 같이하는 무리인 붕당은 서로 견제하는 역할도 했지만, 다툼이 격해지며 폐단을 낳기도 했다.