1894년 초 전라도 고부 군수 조병갑이 저수지 물세를 억지로 걷는 등 수탈을 일삼자, 동학 지도자 전봉준이 농민을 이끌고 관아를 점령했다(고부 농민 봉기). 정부가 보낸 관리가 오히려 농민을 탄압하자, 봄에 동학 농민군이 다시 크게 일어나 ‘나쁜 정치를 없애고 백성을 구하며, 나라를 돕고 백성을 편안하게 하자’고 외쳤다.
농민군은 황토현과 황룡촌에서 관군을 무찌르고 5월 31일 전주성을 점령했다. 놀란 정부가 청에 군대를 요청하자 청군이 아산에 상륙했고, 일본도 톈진 조약을 내세워 대군을 인천에 보냈다. 외국 군대가 들어오자 농민군은 정부와 전주 화약을 맺고 물러나 전라도 각 고을에 집강소를 두어 개혁을 실천했다.
그러나 일본군이 경복궁을 점령하고 청일 전쟁을 일으키자, 농민군은 가을에 일본을 몰아내겠다며 다시 일어났다. 12월 초 공주 우금치에서 근대 무기를 갖춘 일본군과 관군에 크게 패했고, 전봉준은 붙잡혀 1895년 처형되었다. 동학 농민 운동은 안으로는 신분제와 수탈에, 밖으로는 외세 침략에 맞선 운동으로 평가된다.