아멘호테프 4세는 즉위 후 이름을 아크나톤(‘아텐에게 이로운 자’)으로 바꾸었다. 그는 여러 신 가운데 태양 원반 아텐을 가장 높이 받들고, 다른 신, 특히 테베의 아문 숭배를 억눌렀다. 이를 역사상 이른 시기의 유일신 신앙으로 보는 견해도 있지만, 학자마다 해석이 다르다.
아크나톤은 새 수도 아케타텐(지금의 아마르나)을 세웠고, 미술도 이전보다 자연스럽고 개성 있게 바뀌었다. 왕비 네페르티티의 흉상이 이 시기 작품이다. 아마르나에서 발견된 외교 편지(아마르나 문서)는 당시 이집트와 바빌로니아·미탄니·히타이트 사이의 국제 관계를 보여 준다.
그가 죽자 개혁은 곧 되돌려졌다. 어린 왕 투트앙크아텐은 이름을 투탕카멘으로 바꾸고 아문 숭배를 되살렸다. 투탕카멘은 열아홉 살 무렵 일찍 죽었지만, 1922년 하워드 카터가 거의 도굴되지 않은 그의 무덤을 발견하면서 가장 유명한 파라오가 되었다.